药物重定向 报告人：张晓霞 报告时间：2013-10-26 地点：厦门大学软件学院科研一号楼313会议室 一. 报告人汇报内容概要 本次汇报主要包括两篇Paper Reading和目前相关工作的介绍。 第一部分是Paper Reading。其中第一篇Paper的名称是Large-scale extraction of accurate drug-disease treatment pairs from biomedical literature for drug repurposing，这篇文章是以疾病作为中间桥梁实现药物重定向问题。其中，论文主要从背景、理论知识支持、数据和方法、结果分析和总结这五方面来阐述的。通过获取MEDLINE的摘要数据，以及从UMLS、HDO和drugbank获取药物、疾病的字典数据，并在ClinicalTrials.gov中抽取出已知的“疾病-药物”关系对。在完成数据准备后，标注MEDLINE句子及抽取模式，从中筛选出有治疗关系的模式和抽取MEDLINE中的关系对，最后评估抽取的关系对和分析论文的不足之处 另外一篇Paper的名称是Discovery and explanation of drug-drug interactions via text mining，这篇文章同样也是研究药物的重定向问题，较前一篇文章不同的是，它是通过基因这个中间桥梁，发现药与药之间的相互作用。其中，先从论文的背景上，提出了通过抽取“药物-基因”的关系对，构建语义网络，将药物构建在一起的方法。再通过特征抽取的方法抽取药物之间的关系；接着使用随机森林的方法对药物间的相互作用进行分类。最后，使用OOB对随机森林的方法的性能进行了评估，分析论文的不足之处。 第二部分使汇报目前相关的研究工作。主要讨论了当前研究工作的进展和设想等。 二.问题探讨和建议 在汇报人汇报过程中，会议参与人员提出一些疑问与汇报人一起探讨，主要包括： 1 对于靶点基因这个概念的疑问； 2 大家一起探讨了基因的高低表达的问题； 3 苏劲松老师提出情感语料库手工标注后可用半监督的方法，并且图模型可能回有帮助。并且研究时多看看国内生物信息学的一些主页； 4 汪宜东提问当前研究如何对获得的“疾病-基因”关系做评价。 | 
