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药物重定向

报告时间:2013-10-26   报告人:张晓霞

 药物重定向

报告人:张晓霞   报告时间:2013-10-26
地点:厦门大学软件学院科研一号楼313会议室
 
 一. 报告人汇报内容概要
    本次汇报主要包括两篇Paper Reading和目前相关工作的介绍。
第一部分是Paper Reading。其中第一篇Paper的名称是Large-scale extraction of accurate drug-disease treatment pairs from biomedical literature for drug repurposing,这篇文章是以疾病作为中间桥梁实现药物重定向问题。其中,论文主要从背景、理论知识支持、数据和方法、结果分析和总结这五方面来阐述的。通过获取MEDLINE的摘要数据,以及从UMLS、HDO和drugbank获取药物、疾病的字典数据,并在ClinicalTrials.gov中抽取出已知的“疾病-药物”关系对。在完成数据准备后,标注MEDLINE句子及抽取模式,从中筛选出有治疗关系的模式和抽取MEDLINE中的关系对,最后评估抽取的关系对和分析论文的不足之处
另外一篇Paper的名称是Discovery and explanation of drug-drug interactions via text mining,这篇文章同样也是研究药物的重定向问题,较前一篇文章不同的是,它是通过基因这个中间桥梁,发现药与药之间的相互作用。其中,先从论文的背景上,提出了通过抽取“药物-基因”的关系对,构建语义网络,将药物构建在一起的方法。再通过特征抽取的方法抽取药物之间的关系;接着使用随机森林的方法对药物间的相互作用进行分类。最后,使用OOB对随机森林的方法的性能进行了评估,分析论文的不足之处。
 
第二部分使汇报目前相关的研究工作。主要讨论了当前研究工作的进展和设想等。
 
 二.问题探讨和建议
在汇报人汇报过程中,会议参与人员提出一些疑问与汇报人一起探讨,主要包括:
1 对于靶点基因这个概念的疑问;
2 大家一起探讨了基因的高低表达的问题;
3 苏劲松老师提出情感语料库手工标注后可用半监督的方法,并且图模型可能回有帮助。并且研究时多看看国内生物信息学的一些主页;
4 汪宜东提问当前研究如何对获得的“疾病-基因”关系做评价。
厦门大学 厦门大学软件学院 厦门大学智能与科学系 厦门大学信息科学学院 厦门大学模式分析与机器智能研究中心